公司少发保底工资可能引发以下法律风险，需您警惕：
1. 维权证据不足风险：例如您仅能提供银行流水，但流水未标注“工资”，公司辩称是“报销款”或“借款”，而您无法提供劳动合同或工资条佐证保底工资标准，仲裁委可能因证据链断裂不支持您的补发请求。
2. 公司破产清算风险：若公司长期少发保底工资且经营恶化，后续进入破产程序，您的工资差额将作为普通债权参与分配，若公司资产不足以清偿全部债务，您可能仅能拿到部分差额，甚至无法拿到。
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以下特殊情况可能改变公司少发保底工资的处理结果，需您注意：
1. 劳动合同约定“保底工资含加班费”的情形：若合同明确保底工资包含加班工资，且公司能证明您的实际工作时间（考勤记录）对应的基本工资+加班费等于保底金额，即使您认为“纯基本工资”少发，也难以主张违法；但需注意，扣除加班费后的基本工资仍不得低于当地最低工资标准。
2. 公司因不可抗力少发的情形：例如公司因地震、疫情等不可抗力导致停产超过1个月，根据《工资支付暂行规定》，公司可与您协商按最低工资的70%-80%发放生活费（需符合地方规定），若公司已履行协商程序，此情形下的“少发”不属违法。
3. 您存在严重违纪行为的情形：若您因旷工、失职给公司造成重大损失，公司根据合法有效的规章制度扣除工资，扣除后保底工资仍不低于当地最低工资的，该扣除行为合法，您无法主张补发。
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针对“公司保底工资少发违法”的直接结论，以下结合具体法律依据展开分析：
根据《中华人民共和国劳动法》（2018年修正版）第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”若公司与您约定了保底工资，少发行为直接违反该条款中“足额支付”的要求。同时，《劳动法》第四十八条明确：“国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。”若您的保底工资低于当地法定最低工资，公司也违反此规定。此外，《劳动合同法》第三十条补充：“用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令。”综上，无论从合同约定还是法定标准看，公司少发保底工资均构成违法。
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关于您提出的“公司保底工资少发违法吗”的问题，核心需结合劳动合同约定与法律规定判断。以下为不同情形的详细说明：
公司保底工资少发通常属于违法行为。
1. 若存在劳动合同明确约定保底工资标准，公司实际发放低于该约定金额的情况：公司违反劳动合同约定，需承担补发差额及违约责任。
2. 若存在保底工资低于当地最低工资标准的情况：即便劳动合同无明确约定，公司也因违反最低工资保障制度构成违法，需补发至最低工资标准。
3. 若存在公司以“绩效扣除”“考勤罚款”等名义变相少发保底工资的情况：若扣除后实际工资低于约定保底或最低工资，仍属违法（合法考勤扣款需符合规章制度且扣除后不低于底线）。

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