公司未发工资申请劳动仲裁时，以下特殊情形可能影响处理：
1. 雇主破产：劳动仲裁虽可裁决支付工资，但公司破产后可能无财产履行。劳动者需在破产程序中申报债权，按清算顺序获偿，这会延长追讨时间且可能影响最终金额。
2. 公司经营困难：需与劳动者协商延期支付。若双方签协议，劳动者可暂不仲裁；后续公司未履约，仍需仲裁维权。协商不成，劳动者可直接申请仲裁，只是协商可能影响仲裁启动时间。
3. 劳动者违纪：公司依法扣减工资的，若能证明劳动者违纪且扣减合法，仲裁可能不支持支付该部分工资；若扣减无合法依据，公司仍需支付。
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公司未发工资时，劳动仲裁是合法有效的维权途径。具体情况如下：
1. 雇主未按时支付工资，劳动者可向劳动仲裁委申请仲裁，要求支付应得工资。
2. 仲裁裁决生效后公司拒不履行的，劳动者可向法院申请强制执行，保障权益实现。
3. 公司拖欠工资违反劳动法的，劳动者可通过劳动仲裁维护合法权益。
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公司未发工资申请劳动仲裁的法律依据主要来自《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”公司未发工资属于“无故拖欠”，劳动者有权申请仲裁要求支付。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十一条规定：“当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。”该条款为劳动者申请强制执行提供法律保障。
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公司未发工资申请劳动仲裁时，需注意以下法律风险：
1. 诉讼时效风险：劳动争议仲裁时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起算。例如，公司2023年1月起未发工资，你2024年2月才申请仲裁，已超时效，仲裁委可能驳回申请。
2. 证据链风险：缺乏劳动合同、工资支付证明等，可能导致仲裁请求不被支持。比如无劳动合同、工资条丢失、银行流水无明确工资记录、同事不愿作证等，难以证明劳动关系及未发工资事实，仲裁可能失败。

（注：
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原表述存在重复，重写时已整合核心信息并优化表述，确保不改变原意和专业性。）

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